Aelita y Jeremy finalmente terminan de programar el Skidbladnir y el equipo dice que es tiempo de hacer una prueba y llevarlo al Mar Digital, aunque Jeremy no está muy convencido de hacerlo, pero lo hacen de todas maneras. Durante la prueba                                 todo parece estar bien, pero algo sucede...

Mientras Aelita asiste a una audición final de los Subdigitales, Jeremy intenta enseñar a Ulrich, Yumi y Odd a usar la Supercomputadora.

Los Guerreros de Lyoko vuelven al Mar Digital para explorar un nuevo mundo virtual creado por X.A.N.A., inspirado en Lyoko. La misión sería más fácil si Odd y Aelita no estuvieran discutiendo tras ser enviados juntos a detención por el director.

Jeremy está convencido de que los Guerreros de Lyoko deben mejorar su forma física para enfrentarse mejor a X.A.N.A. ¿Y quién mejor para entrenarlos que Jim, ex sargento de las Fuerzas Especiales?

X.A.N.A. desvió un cometa con un satélite militar, amenazando con estrellarlo contra la academia y la fábrica. Mientras Yumi, junto con Hiroki y Johnny, intentan recuperar el control del satélite pirateando una antena parabólica...

La Sra. Hertz lleva a su clase de noveno grado de excursión a una isla aislada para enseñar sobre ecosistemas, dejando del grupo solo a Yumi en la academia. Aprovechando el aislamiento, X.A.N.A. ataca al Skid con un plan para destruirlo...

En un intento de impresionar a Milly llevándole una primicia para su periódico, Hiroki roba el diario personal de su hermana con la esperanza de pasarle algunos secretos a Milly. Pero pierde el diario, lo que provoca toda la ira de Yumi sobre él.

Jeremy ha perfeccionado un proceso llamado "Teletransportación", que permite rematerializar a sus amigos en cualquier lugar del mundo como Espectros Polimórficos. Mientras Yumi y Ulrich vigilan el Skid, Aelita y Odd se materializan.

Nuestros héroes regresan al laboratorio de la Amazonia, decididos a destruir de una vez por todas la supercomputadora. Sin embargo, antes deberán enfrentarse a un ejército de aracno-androides creados por X.A.N.A.

Durante una misión rutinaria, Odd decide llevar a Kiwi a Lyoko en secreto, desobedeciendo a Jeremy. Sin embargo, las cosas no salen como esperaba.

Jeremy comienza a sentirse avergonzado y preocupado por el comportamiento cada vez más humano del clon de William, y lo comenta con sus amigos. Lamentablemente, Milly y Tamiya escuchan la conversación y...

Todos los Guerreros de Lyoko regresan con sus familias para las vacaciones de invierno... excepto Aelita, cuyo pasado sigue siendo un tema doloroso. Ella decide quedarse sola en la academia para vigilar mejor a Xana. Sin embargo...

Nuestros héroes realizan otro viaje a la base del desierto y hacen un inquietante descubrimiento. Su misión se vuelve aún más complicada cuando Odd, que rompió un espejo justo antes de partir, parece haber atraído nada más que mala suerte...

Jeremy gana un paseo en la parte trasera de un avión de combate, pero Xana toma el control del avión y pone a Jeremy en rumbo de ataque directo hacia... ¡la fábrica!

Sissi recibe a una hermosa y glamorosa amiga por correspondencia de Islandia, sin embargo, la joven parece estar interesada únicamente en Odd, lo que genera tensiones en el grupo. Dolido por la situación, Odd comete una traición...

El grupo está harto del perro de Odd, Kiwi, que solo parece causar destrozos o ensuciar las cosas de los demás. A pesar de las protestas de Odd, deciden en conjunto desterrar al perro durante unos días en la fábrica.

Durante una inspección sorpresa en los dormitorios, Odd le suplica a Yumi que esconda a Kiwi en la casa de sus padres. A regañadientes, Yumi acepta, pero luego pasa la responsabilidad del perro a su hermano Hiroki, lo que preocupa a Odd...

Patrick Belpois, el primo de Jeremy, llega como un nuevo y sorpresivo estudiante a la Academia Kadic. A diferencia del resto de los Guerreros de Lyoko, que lo encuentran interesante y encantador, Jeremy siempre ha detestado a su primo...

¡Esta noche es el gran día: Aelita será la DJ de apertura en el concierto de los Subdigitals! Mientras enfrenta su miedo escénico, Odd busca desesperadamente un boleto extra que prometió a otra chica para impresionarla.

Aelita encuentra una foto de ella junto a Franz Hopper en la casa del Hermitage. Jeremy intenta analizarla para extraer información. Esto despierta la curiosidad del director: ¿qué relación tiene Aelita con el antiguo profesor de física de la academia?

Los padres de Odd vienen de visita. Aunque sus amigos quedan sorprendidos por lo agradables que son, Odd se queja de ellos, deseando tener conflictos como cualquier otro adolescente “normal”.

Otra misión contra una Réplica para nuestros héroes. Mientras Ulrich y Aelita enfrentan a un nuevo monstruo gigante indestructible, Odd y Yumi son teletransportados a una base en SiberiA.

Los Guerreros de Lyoko regresan a Siberia en un intento por liberar a William del control de X.A.N.A. Utilizando datos obtenidos por Aelita en la última teletransportación, Jeremy desarrolla un programa para localizar a su amigo...

Tras abandonar la idea de destruir todas las Réplicas al descubrir cuán numerosas son, y especialmente después de la pérdida del Skid, Jeremy centra sus esfuerzos en sistemas multiagente, para finalmente eliminar a XANA.

Tras su victoria contra X.A.N.A., nuestros héroes se reúnen por última vez para apagar definitivamente la supercomputadora, poniendo fin a sus vidas llenas de aventuras, peligros y experiencias inolvidables...