¡Aelita se muda a la Academia para vivir con sus amigos! Sin embargo, la vida en la Tierra no es un camino de rosas para nuestra joven heroína: X.A.N.A. se ha apoderado de una casa en el vecindario (la Ermita) y atrae a la pandilla allí para destruirlos.

Mientras investiga la Ermita, la casa donde Aelita ha tenido visiones, Jeremy descubre que perteneció a un tal Sr. Franz Hopper, un antiguo profesor de la Academia Kadic. Aún más interesante es el hecho de que puede haber una conexión entre él, la fábrica y la supercomputadora.

Ahora que nuestros héroes han descubierto el Sector 5, deciden ir a explorarlo con la esperanza de descubrir algunos de sus secretos

XANA ha conseguido el control del programa de “regreso al pasado” de la supercomputadora. Al principio, nuestros héroes intentan comprender por qué haría algo así... pero al poco tiempo se dan cuenta de...

Desde el día en que Aelita puso un pie en la Ermita, ha estado sufriendo visiones cada vez más aterradoras. Tampoco ha podido dormir bien, entonces Jeremy le propone volver a la casa para poner fin a sus pesadillas de una vez por todas.

¡Es el día de San Valentín! Yumi y Ulrich se pelean por William. Aelita recibe un bonito collar que está convencida de que es de Jeremy. Por desgracia, en realidad es un regalo “envenenado” de X.A.N.A.

Aelita sustituye a una de las DJ en el baile de la Academia. ¡Quién hubiera imaginado que tendría un oído tan bueno para la música electrónica! Jeremy está celoso de todo el tiempo que ella dedica a su nueva pasión. Mientras tanto, X.A.N.A. acecha.

En un intento por salvar a Aelita de el Scyphozoa, Yumi se ve envuelta en un brutal combate contra el monstruo. Poco después, Jeremy ve que como resultado del combate, Yumi ya no puede ser desvirtualizada. De hecho, parece que falta una parte vital de ella: ¡su código de ADN virtual! ¿Cómo podrá recuperarlo?

Yumi y su familia se van a mudar a japón. Su padre, el señor Ishiyama, ha sido despedido del trabajo y no pueden permitirse quedarse en su casa actual, mientras él intenta encontrar otro trabajo. Devastado por la idea de que Yumi se vaya, Ulrich tiene una idea...

Jeremy crea un nuevo programa al que llama "Marabunta". Lo lanza. Al principio, "Marabunta" es un arma eficaz para nuestros héroes contra los monstruos de XANA, pero en poco tiempo, ¡las cosas empiezan a ir terriblemente mal!

La batería nuclear de Uranio, que alimenta a la supercomputadora se está quedando sin energía… Aelita, Xana y Lyoko se mueren! Al percibir el peligro, XANA posee a un criminal para robar otra batería a un camión militar para salvarse así mismo.

Desde hace algún tiempo, Jeremy se comporta de forma cada vez más extraña. Insiste en que sigan volviendo al pasado a pesar de lo que dicen sus amigos. Cuando nuestros héroes analizan más de cerca lo que ha estado sucediendo, descubren que X.A.N.A. ha engañado a Jeremy para que use las notas de Franz Hopper.

XANA ha lanzado un nuevo ataque. En un intento de acabar con sus enemigos (con la excepción de Aelita, cuyo recuerdo necesita), XANA ha encontrado una forma de materializar cangrejos en el mundo real.

XANA utiliza a Kiwi para propagar un virus que convierte a la gente en zombis. Los zombis están obsesionados con acabar con nuestros héroes. La Academia se convierte en el escenario de una película de terror en la que se revela la verdadera personalidad de los personajes.

XANA ha poseído al director. El señor Delmas secuestra a Yumi y Odd y le da a Jeremy un ultimátum: Aelita debe ir al borde del Sector de Hielo en Lyoko en dos horas, o Odd y Yumi serán liquidados. ¡Nuestros héroes no tienen un minuto que perder! Pero la policía también está buscando a Odd y Yumi y se interponen en el camino de nuestros héroes.

Al final de otra exitosa misión en Lyoko, nuestros héroes se materializan de nuevo en los escáneres. Pero algo no está bien; el programa ha fallado y ha puesto la mente de Yumi en el cuerpo de Odd y viceversa. Ambos se ven obligados a arreglárselas como pueden en cuerpos desconocidos, mientras Jeremy y Aelita solucionan el problema.

¡La fiebre del amor se ha apoderado de la escuela Kadic! ¡Primero, Aelita ve a Jeremy besando a Heidi! ¡Luego, William ve a Yumi besando a Mathias! ¡Yumi ve a Ulrich besar a Sissi! y ¡Jeremy descubre Aelita besando a Nicolas! El grupo está por desintegrarse, empezando por Jeremy, que tiene una gran pelea con Aelita. Una vez más, XANA está detrás de todo.

Ulrich tiene miedo a las alturas... pero nunca se ha atrevido a admitirlo delante de sus amigos. Hasta que un día, en la clase de gimnasia, tiene que competir con William en el muro de escalada y es humillado por él delante de Yumi. Desanimado, se va a reflexionar en el bosque. Yumi y Odd salen a buscarlo para animarlo... y es entonces cuando XANA decide atacar.

XANA aprovecha una estación de retransmisión de televisión nacional para enviar espectros a toda la ciudad desde antenas y transmisores. Los espectros se mezclan con las nubes bajas que cubren la zona. Se desata una tormenta de nieve que hace que la temperatura baje en espiral hasta unos escandalosos 15 °C bajo cero, provocando problemas para la ciudad y para nuestros héroes.

Una vez más, Aelita sufre una serie de extrañas visiones que parecen estar relacionadas con un pasado que no reconoce. ¡En realidad, se trata de uno de los planes de XANA! Este plan estimula el recuerdo que nuestra joven heroína tiene de ella para llevarla al Sector 5, donde la Scyphozoa la espera.

¡Es hora del examen físico anual en la escuela Kadic! Pero XANA tiene otros planes y toma posesión de enfermera de la escuela, Yollanda, y ella captura a Aelita. Su objetivo es llevar a Aelita a Lyoko y entregarla a los Scyphozoa.

Al leer en un periódico sobre un posible fantasma viviendo en la Academia Kadic, Sissi y su grupo organiza una patética sesión espiritista en el sótano, cuando XANA envía un espectro. ¡El pánico se extiende por toda la escuela! ¡Todos los alumnos están convencidos de que el infame fantasma de Kadic está de regreso!

X.A.N.A vuelve a atacar, y esta vez hay 5 torres activadas, es un increíble ataque! Al legar a la fabrica un extraño hombre esta usando la supercomputadora en el laboratorio y dice ser… Franz Hopper. Nuestros héroes no pueden creer lo que ven sus ojos. Pero, en realidad, el hombre es solo otro de los espectros de XANA.

Sissi empieza a actuar de forma muy extraña, y hablar de manera ilógica. ¿Podría ser que XANA la esté controlando? Esta hipótesis se descarta rápidamente, ya que Sissi no parece interesada en hacerles daño a nuestros héroes… más bien, parece estar intentando decirles algo.

Para facilitar la tarea de descifrar el diario de Franz Hopper, Jeremy decide activar una torre una vez más. Pero mientras Aelita transfiere datos, XANA intenta recuperar el control de la torre y posiblemente obtenga acceso a la parte restringida de la supercomputadora donde Jeremy ha almacenado todos los datos que ha recopilado desde el principio.

Gracias al diario de Franz Hopper, que por fin han descifrado, Jeremy comprende qué es el virus que vincula a Aelita con XANA: un «fragmento» de la propia Aelita que XANA ha robado.  Aelita está confundida por algunas de las revelaciones sobre sí misma en el diario de Franz Hopper. En un estado de shock, arriesga su vida al intentar apagar el superordenador por sí sola.